鈴鹿山脈は三重と滋賀の県境で、主峰御池岳は1,240mである。北部は1,000mクラスの山が続き、南部は900m級の山となる。標高が低い割りには積雪が多く、多様性に富む生態系となっている。 

三重県中北部にはいくつかの中小河川がある。代表的なものは員弁川、海蔵川、鈴鹿川、安濃川、雲出川、櫛田川などである。また、さらに南には大河、宮川がある。これら河川の中流は市街地や農地の中を流れているが、河畔林、竹やぶ、葦原など様々な植生を伴って、独特の鳥相を示している。

 三重県の農地の大半が水田である。季節の移り変わりに従い、様々な鳥が水田を訪れる。 

三重県には多くのため池がある。大河がなく、雪の量も少ないため、稲作のため、たくさんのため池が作られた。 多くの鳥が棲息するが、近年の改修工事で鳥類の棲息環境が悪化した池もある。

 伊勢湾に流入する大河、木曽三川の河口には残念ながら大規模な干潟は残されていない。しかし、伊勢湾西岸には、自然の砂浜海岸、河口の砂州、干潟が残されている。人口の密集する太平洋岸ではめずらしいことである。

三重県の南半分は、熊野灘に面し、黒潮に洗われて暖かい。海岸線は複雑に入り組み、平野は少なく、沖には無人島が多い。そこには離島に特有な様々な鳥類が棲息する。